Uma propriedade compartilhada pelos compostos moleculares é que eles são compostos de pelo menos duas moléculas diferentes. Se, por exemplo, o mesmo elemento se combina com outro átomo de si mesmo, não é um composto molecular, mas uma molécula desse elemento.
Outra propriedade compartilhada pelos compostos moleculares é a distribuição de elétrons entre os elementos que compõem o composto. Esta é uma condição necessária, mas insuficiente para ser classificado como um composto molecular; elementos idênticos podem se ligar de maneira semelhante, mas não contam como compostos, uma vez que não são diferentes uns dos outros, como no caso do hidrogênio molecular.
