Um átomo neutro contendo 12 prótons é do elemento magnésio. Se o átomo tivesse uma carga positiva ou negativa, ainda seria do elemento magnésio; entretanto, seria classificado como um íon.
Prótons determinam a identidade elemental de um átomo. Se alguém remove ou adiciona prótons a um átomo, ele muda de identidade. Por exemplo, se alguém removesse um próton de um átomo de magnésio, seria um átomo de sódio. O número de prótons no átomo de um elemento é exibido no canto superior esquerdo das células na maioria das tabelas periódicas; é chamado de número atômico. Os prótons são carregados positivamente. As outras partes principais do átomo são elétrons com carga negativa e nêutrons sem carga. Átomos com menos ou mais elétrons do que o número atômico são carregados positiva e negativamente, respectivamente. Átomos com vários números de nêutrons são chamados de "isótopos".