O pH no intestino delgado aumenta de pH 6 no duodeno para pH 7,4 na extremidade distal do intestino delgado no íleo terminal. O pH diminui para pH 5,7 no ceco, mas aumenta para pH 6,7 no reto.
A parte mais ácida do trato gastrointestinal humano é o estômago, que geralmente é em torno de pH 1 a pH 3. A alta acidez no estômago combate as bactérias que são ingeridas com os alimentos. À medida que a distância do estômago aumenta, o nível de pH aumenta gradualmente. O intestino grosso é de pH 5,5 a pH 7.