O mecanismo de coloração em fungos pelo lactofenol azul-algodão é o uso do lactofenol como agente de limpeza, o que significa que ele é capaz de matar o organismo. Então, o ácido láctico preserva a estrutura do fungo. O azul de algodão é capaz de manchar o citoplasma com uma certa tonalidade de azul claro, de modo que os cientistas podem observar a lâmina que contém as células do fungo.
A coloração de uma amostra de uma célula é o processo de colorir ou distinguir visualmente certas partes da célula. Isso permite aos cientistas diferenciar as partes da célula e observá-las com mais clareza. A coloração de organismos eucarióticos pode ser vital para a compreensão humana de certos processos e fenômenos biológicos. Compreender certos tipos de fungos pode ser útil no desenvolvimento de antibióticos e outros produtos e é até mesmo usado para fermentação ou prevenção de doenças em indústrias agrícolas.
Ao usar a técnica de coloração com lactofenol algodão azul, o cientista deve pegar uma lâmina limpa e adicionar uma gota de solução de lactofenol algodão azul. Em seguida, uma agulha esterilizada pode transferir uma esteira para esse fluido antes que ele seja coberto com outra tira. Isso permite que o lactofenol limpe e mate o organismo, e o ácido lático mantém sua forma. A célula pode então ser tingida e observada.