O conceito morfológico de espécie agrupa as espécies de acordo com semelhanças morfológicas e ignora outras diferenças, como DNA ou incapacidade de reprodução entre os indivíduos. O conceito morfológico de espécie deriva da morfologia, que é o estudo do físico aspectos de um organismo e sua disposição.
A morfologia é essencialmente o estudo da estrutura das partes dos organismos. Os morfologistas se concentram em compreender a disposição das peças, incluindo características físicas externas, bem como órgãos internos, sistemas e estruturas ósseas. Ao contrário da fisiologia, que se concentra na função das partes de um organismo, a morfologia busca apenas compreender e classificar as partes e sua disposição em vários organismos. Uma espécie morfológica é classificada apenas com base na morfologia ou estrutura. De acordo com o conceito morfológico de espécie, um morfologista usaria tamanho, forma, cor e estrutura de um organismo e os compararia a outro para determinar suas espécies. Embora seja verdade que a variação entre organismos intimamente relacionados seja menor do que entre organismos distantemente relacionados, o conceito morfológico de espécie ignora alguns aspectos importantes do desenvolvimento do organismo usados para classificar as espécies. Algumas espécies são estruturalmente semelhantes, mas são criaturas geneticamente distintas. Essas criaturas são chamadas de espécies crípticas. Seguindo apenas o conceito morfológico de espécie, essas criaturas seriam classificadas como uma única espécie, apesar das vastas diferenças genéticas. No entanto, quase todos os cientistas usam um pouco de morfologia para classificar e distinguir espécies, visto que a forma física e a estrutura são componentes-chave para a compreensão dos organismos.
