A temperatura em um bioma estuário varia com a estação e o estuário. Por exemplo, o estuário de Aln na Inglaterra tem uma faixa de temperatura média de 13 a 17 graus Celsius ou 55 a 63 graus Fahrenheit. A temperatura de um estuário geralmente se correlaciona com a saúde do bioma.
O oxigênio dissolvido é essencial para a vida nos estuários. Quanto mais alta a temperatura de um estuário, menos oxigênio dissolvido está disponível no ecossistema. Por exemplo, um aumento de temperatura de aproximadamente 14 graus Celsius pode reduzir a quantidade de oxigênio dissolvido em um pouco menos de meio mg por litro. Diferentes plantas e animais são capazes de se adaptar às condições do estuário com base em seus mecanismos biológicos inatos.
