Os cílios na traqueia são um importante mecanismo de proteção do corpo e atuam para reter as partículas estranhas inaladas, evitando que se alojem nos pulmões, explica a Encyclopædia Britannica. Quando uma partícula é inalada, o os cílios da traqueia param e afastam o objeto dos pulmões com uma ação de varredura coordenada.
Os cílios projetam-se do revestimento da membrana mucosa úmida da traqueia, estendendo-se para o canal aberto conhecido como lúmen. Eles têm a aparência de pequenas projeções semelhantes a pêlos e fazem parte das células ciliadas que predominam na traquéia. Cada célula ciliada contém aproximadamente 250 cílios, e essas células se estendem por todo o comprimento da traqueia, observa Michael H. Ross em "Histology: A Text and Atlas".
No caso de um objeto estranho ser inalado em direção aos pulmões, os cílios tentam agarrar o objeto. Em seguida, trabalhando em um movimento coordenado, os cílios movem a partícula para cima, em direção à faringe, para que seja engolida e digerida no trato gastrointestinal. Se os cílios deixam de funcionar, corpos estranhos desenvolvem bactérias que permanecem nas vias aéreas. As bactérias acumuladas na traqueia causam problemas respiratórios, infecções e outros distúrbios. Em casos raros, uma pessoa herda geneticamente a discinesia ciliar primária, uma condição que afeta o crescimento e a função dos cílios na traquéia, de acordo com o National Heart, Lung and Blood Institute. Os cílios podem ser do tamanho errado, mover-se da maneira errada ou estar totalmente ausentes.