Seguindo a tradição de nomear planetas com o nome de deuses romanos antigos, Plutão deriva seu nome do deus romano do submundo. O Observatório Lowell deu o nome ao planeta após receber a sugestão de Venetia Burney, de Oxford, Inglaterra, de 11 anos. Plutão recebeu oficialmente seu nome em 24 de março de 1930.
O Observatório Lowell recebeu mais de 1.000 nomes sugeridos para o planeta. Burney inicialmente sugeriu o nome para seu avô, que passou a sugestão para um astrônomo. O astrônomo, Herbert Hall Turner, passou o nome para os astrônomos do Observatório Lowell em Flagstaff, Arizona. O nome Plutão foi escolhido por unanimidade em uma pequena lista, que também incluía os nomes sugeridos Minerva e Cronus.
As luas de Plutão têm o nome de figuras associadas ao deus Plutão. Caronte, o primeiro a ser descoberto das luas de Plutão, deve o seu nome ao barqueiro do submundo romano que transporta as almas dos mortos através do rio para o submundo. Descobertas décadas depois, as luas Nix e Hydra receberam o nome da mãe de Charon e do guardião multi-chefe do submundo, respectivamente. As luas descobertas subsequentemente receberam o nome de Kerberos, um cão de três cabeças da mitologia grega, e Styx, o nome do rio através do qual Caronte transporta as almas para o submundo.
Embora Plutão seja o nome geralmente aceito do planeta, alguns idiomas usam o nome de figuras do submundo de diferentes tradições. Algumas línguas do leste asiático chamam o planeta Meiosei. Em hindi, o planeta é chamado de Yama, enquanto em maori, o planeta é chamado de Whiro.
