A principal função de uma vareta de agitação é agitar soluções manualmente. Varas de agitação têm outros usos em laboratório, no entanto, incluindo ajudar a decantar o líquido dos recipientes, quebrando emulsões e induzindo a cristalização.
Varas de agitação são usadas para decantar ou derramar líquidos lentamente. O derramamento lento é essencial ao trabalhar com produtos químicos potencialmente perigosos que podem reagir muito rapidamente. Usar a vareta de agitação para decantar o líquido torna mais fácil manter um precipitado no fundo do copo, porque o líquido escorre mais lentamente, reduzindo as chances de agitar o sólido.
Para induzir a cristalização em um experimento de recristalização, a haste de agitação de vidro é raspada contra o interior do frasco que contém a solução.