A função das cisternas terminais é atuar como um local de armazenamento de cálcio. Na contração muscular, o cálcio armazenado nas cisternas terminais é essencial para o funcionamento adequado. Este local de armazenamento de cálcio usado para a contração muscular não é o mesmo utilizado para o tecido ósseo.
No músculo esquelético, duas cisternas terminais se fundem com um túbulo T para formar uma estrutura de tríade. Quando um músculo é estimulado, o cálcio é liberado da unidade de armazenamento das cisternas terminais. Este cálcio se liga à troponina-C no sarcoplasma para executar a contração muscular.
O papel do cálcio como ativador da contração muscular foi descoberto durante experimentos do século 20 em tecido de rã.
