Os resíduos agrícolas podem produzir vários efeitos nocivos, incluindo riscos para a saúde e contaminação dos corpos d'água circundantes e da atmosfera. Os resíduos agrícolas, se não forem descartados de maneira adequada, podem causar efeitos de curto e longo prazo nos ecossistemas, na terra e em ambientes mais amplos, introduzindo toxinas estranhas no solo e na água.
A poluição agrícola vem de várias fontes. Pesticidas e fertilizantes constituem a maior parte dos resíduos agrícolas e incluem produtos químicos e materiais sintéticos feitos pelo homem. Os compostos sintéticos geralmente não se biodegradam quando expostos ao ar ou à água e podem durar décadas ou até um século. Esses produtos químicos são pulverizados em campos de cultivo para manter os insetos longe e entrar em córregos e cursos de água como escoamento. A água contaminada é outro efeito primário dos resíduos agrícolas; a água fica contaminada por meio de fertilizantes e resíduos de pesticidas, junto com patógenos, como vírus e bactérias, que podem entrar nos sistemas de água potável. De acordo com a Conserve Energy Future, a poluição agrícola é a principal fonte de poluição de água e lagos, pois os produtos químicos e as toxinas chegam às águas subterrâneas ao se depositar no fundo desses grandes corpos d'água. O acúmulo dessas substâncias acaba levando a problemas de saúde, como a síndrome do bebê azul e doenças neurológicas. Os resíduos agrícolas também podem afetar negativamente os animais aquáticos e as plantas porque fertilizantes, esterco, amônia e resíduos chegam aos ambientes locais e interrompem os processos do ecossistema.