As vantagens de um endoesqueleto incluem fortes propriedades de sustentação de peso e até o crescimento, enquanto as desvantagens incluem menos proteção e alavancagem para os músculos. Os endoesqueletos são geralmente encontrados em animais maiores devido ao melhor suporte de peso, como os exoesqueletos podem limite o crescimento devido ao peso.
Um endoesqueleto se refere a um esqueleto interno, ao contrário de um exoesqueleto que se refere a um esqueleto externo. Por ser interno, um endoesqueleto pode suportar um peso maior sem se tornar muito pesado para o organismo. Um exoesqueleto eventualmente se tornará impraticávelmente pesado para um organismo, limitando o tamanho. Além disso, o endoesqueleto pode crescer com o organismo, ao contrário de um exoesqueleto que requer muda regular, pois é rígido e não cresce.
Por ser interno e coberto por músculos e tecidos, um endoesqueleto oferece pouca proteção ao organismo. Existem também áreas menos rígidas contra as quais os músculos podem puxar, resultando em menos força de alavanca.
