O desmatamento, a conversão de terras e as mudanças climáticas representam os três maiores riscos para as florestas tropicais. As florestas tropicais, como outros ecossistemas, exigem condições específicas para uma saúde ideal. Eles enfrentam destruição e danos permanentes de muitas atividades humanas, principalmente impulsionadas por incentivos econômicos, como extração de madeira e agricultura comercial.
Entre as ameaças da floresta tropical, o desmatamento apresenta muitos problemas. O desmatamento envolve o corte de árvores e o desmatamento de grandes áreas de floresta tropical para uso humano. Algumas pessoas colhem árvores na floresta tropical, usando-as para construção e criação de bens de consumo à base de madeira. A extração de madeira ocorre legal e ilegalmente; embora a extração de madeira sustentável não represente grandes ameaças às florestas tropicais, a extração ilegal de madeira cobra seu preço. De acordo com o World Wildlife Fund, as florestas tropicais em Bornéu enfrentam uma perda de terras de mais de 55%. O aumento da demanda global por óleo de palma, uma substância em muitos itens alimentares, aumenta a taxa de desmatamento. A perda de terras deixa muitas espécies nativas desabrigadas e sem recursos básicos, colocando em risco sua sobrevivência. A necessidade de terras para fazendas e pastagem de gado também contribui para o desmatamento.
A conversão de terras, como a transformação de áreas florestais em campos para plantações de soja e óleo de palma, aumenta o risco de inundações e incêndios nas áreas circundantes. O desenraizamento e a remoção de árvores retiram a capacidade de absorção de água das florestas, e a invasão humana nas florestas leva a terras mais secas e sujeitas a incêndios. Por último, as mudanças climáticas, incluindo maiores quantidades de dióxido de carbono na atmosfera e o aumento do nível do mar, colocam em risco a saúde da floresta tropical.