Chuvas fortes, consistentes e prolongadas, juntamente com o transbordamento de rios e outros canais de água, são uma das principais causas das inundações. Conforme a água da chuva atinge e preenche os canais do rio, a água se espalha na planície de inundação ou nas terras próximas ao rio e causa inundações.
As inundações após chuvas fortes também são afetadas por certos fatores, incluindo canais de rios íngremes e rasos, falta de vegetação e bacias de drenagem de concreto que evitam que a água volte para o solo e faça com que a água corra mais rapidamente na planície de inundação. Sistemas de drenagem insuficientes, má manutenção de cursos de água e esgotos com defeito também contribuem para as inundações.
A causa das inundações também varia de acordo com a localização geográfica. A maré alta combinada com um clima tempestuoso e baixa pressão atmosférica é uma das principais causas de inundações nas regiões costeiras. Furacões trazem tempestades destrutivas, que podem elevar rapidamente a água da costa em até vários metros. Uma onda de tempestade pode penetrar na praia e em áreas baixas mais para o interior.
Um tsunami ou maremoto produzido por um terremoto ou uma perturbação no fundo do oceano pode gerar um conjunto de ondas que se acumula lentamente e aumenta de velocidade em águas rasas. Ao contrário de uma tempestade, um tsunami vem na forma de uma onda imensa que, se amplificada tremendamente, pode causar inundações e danos excessivos às propriedades.