Uma das maiores desvantagens da energia hidroelétrica é a grande perturbação que o represamento de um rio causa às pessoas, animais e habitats circundantes. Outro problema é que as barragens e usinas hidrelétricas levam muitos anos para serem construídas e são incrivelmente caras, embora tenham custos mínimos depois de concluídas. A água deve ser abundante na área e os padrões de manutenção devem ser rígidos.
A capacidade de uma usina hidrelétrica de gerar eletricidade depende inteiramente do fluxo de água, portanto, requer um local com precipitação regular. Se não houver chuva suficiente a cada ano para encher continuamente o reservatório criado pela barragem, a usina hidrelétrica não poderá gerar eletricidade continuamente.
Quando uma área é inundada após a construção de uma barragem, as árvores e outras plantas dessa área morrem rapidamente e começam a se decompor. Quando isso acontece, o metano e o dióxido de carbono são liberados no reservatório e, eventualmente, na atmosfera. A barragem também causa outro problema quando a água pega nitrogênio adicionado que flui através dela, o que pode ser tóxico para os peixes e resultar na morte de populações marinhas.
As barragens também representam um grande risco se quebrarem ou forem destruídas, o que enviaria uma enorme parede de água e destruiria qualquer coisa rio abaixo.
