As teorias sobre o que aconteceu à colônia Roanoke vão desde colonos morrendo de doenças até serem mortos por tribos indígenas locais. Outra teoria prevalecente é que os colonos abandonaram Roanoke.
O que se sabe sobre a colônia Roanoke é que a colônia era composta por 17 mulheres, 11 crianças e 90 homens. A presença de mulheres e crianças implica que a intenção desse grupo de ir ao Novo Mundo era se estabelecer e começar uma nova vida lá, longe da Inglaterra.
Quando a colônia Roanoke foi encontrada, não havia vestígios dos colonos que foram se estabelecer lá. Isso leva à primeira teoria sobre Roanoke.
A teoria prevalecente é que, uma vez que não houve colonos encontrados perto da colônia Roanoke, os colonos devem ter abandonado. Quanto aos lugares para onde os colonos foram depois de abandonar a colônia, os pesquisadores acreditam que os colonos viajaram pela Carolina do Norte, principalmente usando o Albemarle Sound e o rio Chowan, e se juntaram a uma das muitas tribos que encontraram ao longo do caminho.
Outras teorias são de que os colonos sofreram doenças causadas por micróbios do Novo Mundo aos quais seus corpos nunca haviam sido expostos antes ou que os nativos americanos mataram os colonos. Em qualquer caso, os pesquisadores concordam que os colonos se separaram e isso acabou levando ao seu desaparecimento.
