Algumas desvantagens dos antibióticos incluem ineficácia contra vírus, potenciais interações medicamentosas, uso indevido frequente, uso excessivo e potenciais efeitos colaterais. Além disso, o uso generalizado de antibióticos pode fazer com que as bactérias evoluam para cepas resistentes a antibióticos.
A resistência aos antibióticos é a capacidade de uma bactéria de suportar altas doses de antibióticos e transmitir essa capacidade para as gerações posteriores. Além disso, bactérias resistentes a antibióticos podem transferir sua imunidade, por meio de plasmídeos, para outras cepas e espécies de bactérias. Os superbactérias são bactérias que não respondem mais ao tratamento com antibióticos. A tuberculose multirresistente, ou MDR-TB, é uma superbactéria que causa 1/2 milhão de novos casos a cada ano, a partir de 2014.
Às vezes, os antibióticos causam interações medicamentosas que tornam um medicamento ineficaz, causam efeitos colaterais ou causam danos aos sistemas biológicos do paciente. Misturar álcool com antibióticos pode diminuir sua eficácia ou causar náuseas, vômitos e efeitos respiratórios. Os antibióticos às vezes tornam as pílulas anticoncepcionais ineficazes. Suspeita-se que a rifampicina tenha esse efeito devido à quebra acelerada dos ingredientes ativos da pílula pelo fígado. A combinação de quinolonas e corticosteroides pode causar danos aos tendões.
Uso indevido e excessivo são dois problemas comuns. No passado, os médicos prescreviam antibióticos antes de determinar se uma infecção era bacteriana ou viral. Fazendeiros e veterinários ainda usam antibióticos profiláticos na pecuária que promovem a evolução de superbactérias. Os pacientes também costumam deixar de tomar os antibióticos exatamente como prescritos, permitindo o desenvolvimento de cepas resistentes.
Os antibióticos podem causar efeitos colaterais, como febre, diarreia, náuseas, reações alérgicas e desequilíbrios fisiológicos, que levam a infecções secundárias.
