A eletroforese é importante porque é usada para separar macromoléculas, como DNA, RNA e proteínas. Os géis feitos de poliacrilamida são normalmente usados para separar DNA e proteínas com base em seus tamanhos diferentes. As proteínas também são separadas com base em suas diferentes cargas.
Quando a eletroforese, também conhecida como eletroforese em gel, é usada para separar moléculas de DNA, uma solução das moléculas é colocada dentro de um gel. As moléculas de DNA carregadas negativamente são puxadas através do gel por um campo elétrico. As moléculas de DNA que são pequenas se movem através do gel mais rápido do que as moléculas de DNA grandes. O movimento das moléculas através do gel cria uma série de bandas. Cada banda é separada em moléculas de DNA de um tamanho específico. As bandas mais distantes do início do gel contêm os menores fragmentos de DNA, enquanto as mais próximas do início do gel contêm os maiores fragmentos de DNA.
A eletroforese é usada para separar fragmentos de DNA para obter uma impressão digital de DNA para fins forenses, testes de paternidade, verificação de reações de PCR e para procurar relações evolutivas entre organismos. O processo também é usado para testar e localizar genes associados a uma doença específica e para distinguir entre amostras de material genético.