De acordo com Jennifer Welsh for Live Science, as amebas geralmente se reproduzem assexuadamente por meio de um processo chamado fissão binária. Isso descreve o ato quando o núcleo de uma célula é estimulado a se dividir em um igual e réplica exata de si mesmo dentro das mesmas paredes celulares, após o qual os dois núcleos se separam em suas próprias células individuais, resultando em duas amebas soberanas, mas geneticamente idênticas.
Dave Mosher da Scientific American afirma que os cientistas modernos começaram recentemente a questionar se as amebas são realmente puramente assexuadas ou se o comportamento reprodutivo que os cientistas estudaram no passado é meramente o resultado de condições controladas de laboratório. Os cientistas acreditam que toda a vida animal surgiu da evolução de organismos unicelulares, como as amebas. A maioria dos animais se reproduz sexualmente por meio do ato da tradicional inseminação embrionária masculina e feminina. Portanto, Mosher afirma que em algum ponto da história evolutiva da vida animal, as amebas devem ter começado a se reproduzir sexualmente. O comportamento sexual entre amebas nunca foi observado. Se a teoria for correta, isso não indicaria que as amebas necessariamente se reproduzem com o uso de órgãos sexuais típicos, mas, em vez disso, faria com que os cientistas redefinissem as suposições básicas sobre quais comportamentos podem definir o ato sexual.
A reprodução assexuada é imediatamente vantajosa porque é rápida, pois uma ameba pode essencialmente fazer uma cópia de si mesma à vontade; no entanto, essa forma de reprodução acaba levando à extinção. Os erros se acumulam no genoma ao longo do tempo; se cada indivíduo na população for uma cópia exata dos outros, eventualmente todos eles serão contaminados com mutações fatais. A reprodução sexual cria diversidade genética, reduzindo a possibilidade de mutações prejudiciais em todos os indivíduos. As amebas podem se reproduzir das duas maneiras, dependendo das variáveis ambientais.