Os microscópios são usados em vários campos para visualizar objetos ou organismos que não são visíveis a olho nu. Esses dispositivos são úteis em biologia e medicina para estudar ou analisar espécimes, como bactérias, células e tecidos corporais. Alguns outros usos de microscópios incluem investigações de cena de crime, espécimes minerais e materiais químicos.
Nas cenas do crime, os cientistas forenses coletam evidências, como caixas de balas, para examiná-las em um microscópio de comparação. Em geologia, espécimes minerais e rochosos podem ser estudados ao microscópio para estudar sua composição. Na química, diferentes materiais, como metais e estrutura atômica dos elementos.
Existem diferentes tipos de microscópios usados na ciência, incluindo microscópios compostos, de dissecção, elétrons de varredura e microscópios eletrônicos de transmissão. As imagens podem ser bidimensionais ou tridimensionais, dependendo dos microscópios. Da mesma forma, a ampliação varia com microscópios diferentes. Por exemplo, o microscópio eletrônico de transmissão apresenta imagens em 2-D e tem alta ampliação e resolução.