As arqueobactérias se movem usando uma forma de flagelo para se propelirem. Essa estrutura lembra vagamente uma cauda saindo do organismo, e uma arqueobactéria a gira rapidamente, como uma hélice de barco, para se mover.
Embora os flagelos das arqueobactérias se assemelhem aos das bactérias típicas, seus flagelos, na verdade, têm uma estrutura bastante distinta e uma história evolutiva única. Como resultado, alguns cientistas defendem um nome separado para o apêndice em arqueobactérias: um arquelo. Tanto os flagelos quanto os archaella operam por meio de rotação que move o organismo para frente, levando à fusão original das duas estruturas. No entanto, em 2013, um grupo internacional de cientistas mostrou que as duas estruturas têm origens genéticas diferentes, com a arquela originando-se da proteína FlaI.
Embora o termo achaebacteria seja frequentemente usado, esses organismos são distintos das bactérias. O termo mais padrão é "archaea". Esses dois organismos têm muitas semelhanças estruturais: ambos não têm um núcleo verdadeiro, têm apenas uma única molécula de DNA e têm paredes celulares rígidas. No entanto, as arquéias possuem uma estrutura química separada das bactérias e evoluíram de forma independente.
Archaea obtém sua energia alimentando-se de uma variedade de substâncias inorgânicas, incluindo enxofre, hidrogênio e dióxido de carbono. Além disso, as archaea sintetizam energia usando a luz solar. No entanto, o processo pelo qual as archaea transformam a luz do sol em energia é diferente da fotossíntese nas plantas. As arquéias conduzem a bacteriorodopsina, um processo que lhes permite formar a base de uma cadeia de energia separada daquela usada por plantas e animais.
