Os lisossomos contêm substâncias digestivas que quebram a matéria estranha. As substâncias digestivas nos lisossomos são enzimas produzidas nos ribossomos, tipos de organelas que produzem proteínas e são encontradas em uma estrutura chamada retículo endoplasmático rugoso. Essas enzimas são empacotadas em lisossomas por outras organelas chamadas aparelhos de Golgi.
As enzimas nos lisossomos decompõem substâncias biológicas, como proteínas, carboidratos, gorduras e ácidos nucléicos. Essas substâncias podem vir de uma organela velha, uma fonte de alimento ou um agente estranho, como um vírus.
Os lisossomos primários se originam no aparelho de Golgi. Esses lisossomos se fundem com os fagossomas para se tornarem lisossomos secundários. Os fagossomas são vesículas que se formam quando uma parte da membrana plasmática de uma célula envolve e engolfa uma partícula de alimento. As enzimas digestivas então entram no fagossoma a partir da fusão do lisossoma, quebrando assim o conteúdo do fagossoma.