Equações moleculares são equações químicas que mostram as reações de compostos, sejam iônicos ou covalentes, apenas como compostos e não como íons dissociados. É apenas uma distinção significativa para reações envolvendo compostos iônicos desde compostos covalentes não tem íons dissociados. O outro tipo de equação é uma equação iônica, que mostra os íons dissociados com suas respectivas cargas.
As equações moleculares são relativamente simples de escrever, mas também costumam representar erroneamente as reações que simbolizam. Isso ocorre porque essas reações geralmente ocorrem em soluções aquosas, onde apenas alguns dos componentes reagem. Por exemplo, uma equação molecular de cloreto de cálcio e nitrato de prata mostra a criação de nitrato de cálcio e cloreto de prata. Isso é representativo de duas maneiras. Primeiro, os reagentes realmente disponíveis não são cloreto de cálcio e nitrato de prata, mas íons de cálcio, cloreto, prata e nitrato totalmente dissociados. Além disso, o único composto realmente criado é o cloreto de prata, que é um sólido iônico que precipita da solução. Os outros íons, cálcio e nitrato, não reagem e permanecem em solução. Uma equação iônica pode ser simplificada para remover esses componentes não reativos inteiramente.
A fórmula molecular pode ser válida e útil como um auxílio conceitual ou pode servir como um modelo mais preciso se a água for removida após a reação por fervura ou algum outro método que deixe os íons dissolvidos para trás para se associar a compostos iônicos .