Um organismo não patogênico é aquele que não causa doenças quando consumido ou enquanto vive em um organismo hospedeiro. Os organismos que podem causar doenças e enfermidades são conhecidos como "patogênicos".
Os organismos não patogênicos não são apenas inofensivos para seus hospedeiros, mas também podem ser benéficos. Algumas pesquisas demonstraram que bactérias não patogênicas podem inibir o crescimento e a reprodução de bactérias prejudiciais, de acordo com a MedicineNet. Muitos organismos não patogênicos também podem viver no trato intestinal de humanos e outros animais por longos períodos de tempo sem causar doenças ou distúrbios. Esses organismos incluem protozoários não patogênicos como Chilomastix mesnili, Endolimax nana e Entamoeba coli.