Uma adaptação funcional é uma estrutura ou comportamento que surgiu em algum momento da história evolutiva de uma espécie para ajudar na sobrevivência dessa espécie ou de seus predecessores. Uma casca de ovo à prova d'água, por exemplo, é uma adaptação funcional que surgiu entre os répteis em resposta à necessidade de colocar ovos em ambientes secos e ressecantes, onde cascas de ovo permeáveis teriam secado.
As adaptações funcionais estão no cerne da evolução. Estruturas que aumentam a probabilidade de sobrevivência de um organismo são fortemente favorecidas pela seleção natural, de modo que aparecem em números cada vez maiores de uma geração para a outra, até que a característica se torne fixa e todos os membros da população a possuam. Às vezes, as adaptações funcionais fazem a transição de uma função para outra. Um exemplo disso são as penas. As penas surgiram durante o Mesozóico como uma forma de isolamento para algumas espécies de dinossauros. Eles eram funcionais como isolamento nessas espécies. Com o tempo, a forma de algumas penas mudou para permitir o voo entre os ancestrais dos pássaros modernos. As penas, portanto, assumiram uma nova função durante o curso da evolução das aves.
Adaptações antes funcionais podem perder sua função. Essas adaptações vestigiais nem sempre são inúteis. O cóccix humano, ou cóccix, é um exemplo de adaptação vestigial. Ele ainda serve como um ponto de fixação para os músculos, mas é considerado como tendo funções muito diminuídas em relação às formas ancestrais.
