Uma reação em cadeia da polimerase aninhada, ou Nested PCR, é uma alteração da reação em cadeia da polimerase padrão com o objetivo de reduzir a contaminação. CLCSupport explica que a contaminação ocorre como resultado de ligação não especificada dentro dos produtos .
Tal ligação ocorre quando locais de ligação do primer inesperados são amplificados. Isso é conhecido como mispriming. A ideia por trás do aninhamento, como explica o National Center for Biotechnology Information, é examinar as partes externas das cadeias de polimerase em busca de grandes fragmentos. Esses fragmentos contêm os pequenos fragmentos esperados e podem ser amplificados sem criar ambigüidade. Uma vez que os fragmentos externos são amplificados, os internos podem ser amplificados com muito menos contaminação.
