Um ecossistema de água doce é um tipo de ecossistema aquático com baixa concentração de sal. Inclui lagos, lagoas, nascentes, rios, riachos e pântanos. Pode ser dividido em duas categorias: o ecossistema lêntico ou de água parada e o iótico ou o ecossistema de água corrente.
Lagos e lagoas pertencem ao ecossistema lêntico. Esses corpos d'água podem variar de alguns metros quadrados a centenas e milhares de milhas quadradas. O maior lago, o Lago Baikai na Ásia Central, constitui cerca de um quinto da água doce da Terra. Lagos e lagoas geralmente têm pouca diversidade de espécies e são isolados de outros corpos d'água.
Riachos e rios são corpos de água corrente que correm em uma direção. A água do ecossistema iótico tem origem em nascentes, neve derretida nas montanhas e até em lagos. A água vai até a boca e depois entra em outro canal de rio, lago ou oceano. Um estuário, outro habitat aquático, é criado quando a água doce de um rio se mistura com a água salina de um ecossistema marinho.
Um pantanal de água doce é um relevo saturado de água sazonalmente ou permanentemente. Por causa de seu solo hídrico, uma grande variedade de plantas e animais prosperam nas áreas úmidas. A diversidade de vida selvagem encontrada nas zonas úmidas está adaptada para prosperar em condições de solo saturado. Alguns exemplos de pântanos incluem pântanos, manguezais, pântanos, pântanos e pântanos.