Flagelos e cílios têm exatamente as mesmas estruturas e funções, e os nomes apenas indicam quantos estão presentes em uma determinada célula. Quando encontrados individualmente ou em um par, essas protrusões celulares são chamadas de flagelos. As protrusões celulares idênticas são chamadas de cílios se forem encontradas em grupos de três ou mais.
Cada cílio ou flagelo individual é construído de um núcleo de microtúbulo que se estende da membrana plasmática da célula. Os microtúbulos são organizados em um padrão específico de nove pares ao redor de dois microtúbulos singuletos para permitir o deslizamento. O movimento deslizante permite que o flagelo ou cílio dobre, facilitando o movimento.
O movimento nos flagelos e cílios começa na base próximo à superfície da célula e se espalha ao longo da saliência até o final em ondas.
Os flagelos são encontrados nas células espermáticas e em algumas algas e são usados para impulsionar a célula inteira para a frente. Os cílios são encontrados incrustados no revestimento do trato respiratório, onde varrem detritos e germes que entram no nariz ou na boca e no trato reprodutor feminino. Alguns protozoários são cobertos por cílios e os usam tanto para locomoção quanto para puxar alimentos. Os menores cílios e flagelos têm apenas alguns mícrons de comprimento, enquanto os maiores têm 2 milímetros de comprimento. Os flagelos geralmente crescem mais do que os cílios.
