O conceito de espécie filogenética define uma espécie como um grupo de organismos que compartilham um ancestral comum e pode ser distinguido de outros organismos que não compartilham esse ancestral. Como uma analogia, o conceito de espécie filogenética afirma que na árvore da vida, as espécies são os galhos distais. Isso contrasta com o conceito biológico de espécie, que afirma que os organismos são da mesma espécie se puderem cruzar com sucesso.
Os cientistas ainda não desenvolveram uma definição perfeita para o termo “espécie”. O conceito filogenético de espécie é uma das alternativas propostas ao conceito atual de escolha, o conceito biológico de espécie. Embora o conceito biológico de espécie faça sentido ao tentar determinar que um elefante e um camundongo são espécies diferentes, ele falha em ser um indicador válido entre todas as espécies. Muitos répteis podem cruzar com sucesso com outros grupos de animais que são obviamente de espécies diferentes. Em alguns casos, as cobras cruzaram com cobras de outras famílias com sucesso.
O conceito de espécie filogenética coloca as relações evolutivas na vanguarda da discussão e contorna os problemas associados à fertilidade. No entanto, o conceito de espécie filogenética falha em outras áreas. Por exemplo, as espécies em anel são coleções de animais que divergiram entre si a tal ponto que são incapazes de cruzar, embora compartilhem claramente um ancestral único e comum. Isso os torna uma única espécie filogeneticamente, embora representem animais claramente diferentes.
