A fermentação submersa é um método de fabricação de biomoléculas em que enzimas e outros compostos reativos são submersos em um líquido, como álcool, óleo ou caldo nutritivo. O processo é usado para vários fins, principalmente na manufatura industrial.
A fermentação submersa ocorre em grandes tanques que são preenchidos com líquido e, em seguida, semeados com microorganismos que desencadeiam o processo de fermentação. A fermentação geralmente leva vários dias para ser concluída e um fluxo constante de oxigênio deve circular pelos tanques o tempo todo. Outras variáveis que afetam a fermentação submersa incluem o nível de pH do líquido, temperatura e força iônica.