A poluição do rio vem de uma variedade de fontes diferentes, incluindo operações agrícolas, descargas industriais, estações de tratamento de águas residuais e escoamento de águas pluviais, que transportam poluentes para os cursos de água. As fontes são classificadas como fontes pontuais se a poluição vem de uma única fonte identificável e de fontes não pontuais se a poluição for o resultado do escoamento em uma área extensa. Como os rios são provenientes de muitas fontes, eles podem conter muitos poluentes diferentes.
A poluição de fonte pontual é o tipo de poluição do rio mais fácil de corrigir, pois pode ser atribuída a uma única fonte. Uma operação industrial pode acidentalmente descarregar poluentes não tratados em um rio, ou uma inundação em uma estação de tratamento de águas residuais pode fazer com que o esgoto flua para um curso d'água. Esses derramamentos podem ser massivos e liberar grandes quantidades de poluentes em um curto período de tempo, mas uma vez que o problema seja corrigido, o rio pode eventualmente se recuperar.
A poluição de fonte difusa é muito mais difícil de lidar. À medida que a água da chuva ou da inundação flui sobre a terra, ela coleta todos os contaminantes presentes. Óleo e graxa de estradas, excesso de nitrogênio e pesticidas de terras agrícolas, metais pesados de operações de mineração e sucateamento e sedimentos soltos podem encontrar seu caminho para o rio, transportados através do ciclo da água pelo escoamento.
