A diferença entre a anáfase 1 e a anáfase 2 é a separação de diferentes tipos de cromossomos. Na anáfase 1 da mitose, os cromossomos homólogos (iguais) se separam de cada lado da célula e o centrômero é inteiro. Na Anáfase 2, as cromátides irmãs se separam e o centrômero é dividido, o que faz com que as cromátides se separem.
Na anáfase 1, os cromossomos homólogos movem-se para os pólos opostos e as cromátides irmãs permanecem ligadas. Há outras mudanças: os microtúbulos (fusos) do cinetocoro encurtam para puxar os cromossomos em direção aos pólos. Isso forma dois conjuntos haplóides, o que significa que cada conjunto tem 23 cromossomos ou 46 no total, o número normalmente encontrado em humanos. Cada cromossomo tem duas cromátides que se movem separadamente na anáfase 2.
Na anáfase 2, os centrômeros são clivados no meio, permitindo que os microtúbulos se liguem aos cinetocoros, o que separa as cromátides irmãs. Os centrômeros são a parte central das cromátides irmãs que os mantêm unidos, geralmente representados por um ponto ou círculo. Quando isso é quebrado, os dois se separam. As cromátides irmãs agora são chamadas de cromossomos irmãos, pois se movem em direção a pólos opostos e não estão mais juntas. A esta altura, a célula está quase pronta para se separar completamente em células-filhas, resultando em quatro células-filhas gerais ao final da meiose 2.
