De acordo com o Museu de Paleontologia da Universidade da Califórnia, os fungos têm quatro classificações principais: quitrídeos, bolores, leveduras e sacos e fungos club. Cada classificação difere principalmente pelo método de reprodução sexuada, uma vez que todas as divisões de fungos utilizam a reprodução de esporos de uma maneira ligeiramente diferente.
Os nomes formais para essas classificações são: chytridiomycota (quitrídeos), zygomycota (bolinhos de pão), ascomycota (leveduras) e basidiomycota (fungos club). Além disso, existem dois grupos polifiléticos que não são reconhecidos pela comunidade científica. São os deuteromicota (fungos assexuados que não se reproduzem sexualmente) e os líquenes (comunidades simbióticas de fungos e algas). Juntos, esses grupos são todas as classificações formais e informais para fungos.
