Os dinoflagelados se movem em um movimento espiralado para frente alimentado pela batida coordenada de dois flagelos diferentes que se projetam do corpo do organismo. Um flagelo se projeta diretamente da extremidade posterior e o outro circula em torno do meio de a célula.
O flagelo que se enrola no meio de um dinoflagelado é chamado de flagelo transversal e fica em uma ranhura ao longo da superfície do protista, chamada cíngulo. O flagelo transversal tem uma aparência achatada e apenas as bordas externas batem. O movimento da onda viaja da base até a ponta do flagelo. O movimento do flagelo transversal impulsiona o dinoflagelo para a frente e também facilita o giro.
O flagelo posterior, ou flagelo longitudinal, começa na membrana celular, se estende por um sulco em direção à parte posterior do organismo e se estende por trás do corpo do dinoflagelado. Este flagelo bate lenta e regularmente para empurrar o organismo para a frente.
O movimento de batimento do flagelo em um dinoflagelado é possível devido à estrutura de microtúbulos dentro de cada flagelo. Os microtúbulos estão dispostos em um tubo de nove pares com dois singletes situados no centro do tubo. O movimento é iniciado quando os dupletos de microtúbulos externos deslizam um contra o outro, e esse movimento é alimentado por ATP.
