O rio Mississippi formou-se em grande parte durante a Grande Idade do Gelo, quando grandes camadas de gelo começaram a derreter e a água resultante se acumulou em lagos glaciais no que hoje é Wisconsin e Minnesota. Essa água foi drenada lentamente em direção ao Golfo do México, esculpindo o rio Mississippi conforme ele fluía.
O rio Mississippi e seus afluentes constituem o maior sistema de drenagem da América do Norte. Começando no norte de Minnesota, ele viaja para o sul, todo o caminho até o Golfo do México, levando a água que desce das Montanhas Rochosas e Apalaches para o oceano. O rio Mississippi tem a quarta maior bacia de drenagem do mundo, encapsulando mais de 1,2 milhão de milhas quadradas e aproximadamente 40 por cento da massa de terra dos Estados Unidos.
Acredita-se que o Delta do Rio Mississippi, onde deságua no Golfo do México, tenha se formado inicialmente há cerca de 7.000 anos. No entanto, continua a mudar à medida que o rio carrega sedimentos das partes superiores do continente e os deposita no golfo. À medida que os níveis de sedimentos sobem, as plantas começam a crescer, essencialmente estendendo a terra para o que antes era oceano. Assim, o caminho do rio Mississippi para o Golfo do México está se tornando cada vez mais longo. O Corpo de Engenheiros do Exército dos EUA construiu várias estruturas para evitar que o rio mude de curso como resultado das mudanças em seu delta.