O núcleo controla indiretamente o que acontece em um lisossoma, produzindo DNA que é copiado em uma proteína, que então se liga ao DNA que constrói os lisossomas. Os lisossomos, pequenos sacos cheios de enzimas, são responsáveis pela digestão de partículas estranhas ou moléculas em excesso na célula. Este primeiro tipo de DNA tem o poder de ativar certos genes no DNA que constrói os lisossomas, controlando assim as características e funções dos lisossomas.
O gene que controla a produção de lisossomas no núcleo é denominado TFEB. Um gene TFEB pode fazer muitas proteínas duplicadas, cada uma das quais se liga a novos genes de trabalho e os ativa. Dentro do próprio núcleo, proteínas chamadas fatores de transcrição são responsáveis pela ativação do TFEB. Eles o transformam de DNA em RNA, que pode ser copiado em uma proteína. O núcleo, portanto, tem controle sobre quantas proteínas criadoras de lisossomas são feitas e com que rapidez. De acordo com a Science Magazine, se houver uma superprodução do gene TFEB, também haverá uma superprodução de lisossomos.
As enzimas encontradas nos lisossomos são produzidas não pelo núcleo, mas por uma organela chamada aparelho de Golgi. Essas enzimas são capazes de digerir proteínas, açúcares, gorduras e outros lipídios, ácidos nucléicos e bactérias nocivas de fora da célula.
