Os exercícios ajudam o sistema esquelético ao estimular a geração de fluido sinovial, que ajuda os ossos e as articulações a se moverem, e ao aumentar a densidade óssea, que faz os ossos ficarem mais grossos e fortes. Os exercícios promovem a circulação sanguínea e elevam a frequência cardíaca também, o que torna o fluxo sanguíneo desinibido pelo sistema esquelético do corpo. Mesmo pequenas quantidades de exercício podem ser tremendamente benéficas para o sistema esquelético e podem prevenir problemas de saúde como artrite e osteoporose.
O sistema esquelético inclui ossos, ligamentos e cartilagem. Embora essas estruturas desempenhem funções distintas, os exercícios oferecem benefícios de curto e longo prazo para todos. De acordo com o National Center for Biological Information, os benefícios que os exercícios trazem para o sistema esquelético variam de acordo com o tipo de exercício, a duração e a intensidade. Os exercícios aeróbicos, como corrida, caminhada, natação e tênis, estimulam a produção de líquido sinovial, que atua como um lubrificante para auxiliar a movimentação das articulações. O líquido sinovial também ajuda a manter as articulações hidratadas e flexíveis. Por sua vez, isso evita que sequem e se tornem suscetíveis a lacerações e tensões. O envolvimento em atividades de levantamento de peso, como treinamento de força e corrida, naturalmente estressa os ossos. Este estresse, desde que não seja muito, estimula os ossos a produzirem osteoblastos, que por sua vez constroem um novo osso e tornam os ossos existentes mais fortes e mais densos.