Euglena excreta resíduos da mesma forma que outros protozoários, por meio de um saco de vacúolo que pode absorver e expulsar a água carregada com nutrientes ou produtos metabólicos. O saco de vacúolo aumenta à medida que os resíduos se acumulam. Esses vacúolos são descarregados com a frequência de meio minuto.
O citosol da membrana plasmática da euglena os torna sempre hipertônicos ao ambiente aquático circundante. Isso permite que a água flua livremente através da membrana plasmática, facilitando a expulsão de resíduos do vacúolo. Os vacúolos contráteis consistem em dois subcompartimentos, cada um deles circundado por uma membrana diferente. Uma membrana é dividida em túbulos minúsculos e vesículas contendo enzimas de translocação de prótons que permitem o transporte ativo de componentes para dentro e para fora dos protozoários. Este transporte ativo envolve a geração de um gradiente eletroquímico através das enzimas da membrana, que bombeia componentes indesejáveis de resíduos e bombeia nutrientes desejáveis para o protozoário.
A outra membrana serve como um invólucro para um reservatório, sem as enzimas da primeira. Esta segunda membrana é elástica, permitindo sua expansão para o armazenamento do excesso de fluido. A membrana elástica pode se fundir com a membrana plasmática externa em torno dos dois subcompartimentos para ejetar produtos residuais indesejados. Além da expulsão dos resíduos, o saco de vacúolo é responsável pela osmorregulação do interior da euglena com o ambiente circundante.
