A matéria flui na biosfera por meio da reciclagem por organismos e ciclos bioquímicos. Os organismos simplesmente transformam a matéria e não a esgotam, portanto, é possível que a matéria circule em vários sistemas biológicos. Exemplos de fluxo de matéria na biosfera incluem o ciclo da água e os ciclos dos nutrientes.
O ciclo da água contribui para o fluxo de matéria na biosfera por meio de sua passagem entre os organismos e o meio ambiente. Quando a água entra nas raízes de uma planta, ela pode ser usada pela planta ou ser passada para outro organismo por meio do consumo. A transpiração ocorre quando a água evapora das folhas de uma planta e entra novamente na atmosfera, onde eventualmente se condensa em chuva e cai de volta na terra, continuando o ciclo.
O ciclo dos nutrientes inclui outros elementos e compostos necessários à vida e, posteriormente, trocados por vários organismos. Exemplos são o ciclo do nitrogênio, o ciclo do carbono e o ciclo do fósforo. O ciclo do nitrogênio ocorre quando bactérias específicas transformam o nitrogênio atmosférico em uma forma utilizável por outros organismos, como quando o gás nitrogênio é convertido em amônia por meio da fixação de nitrogênio. Essas bactérias também podem transformar nitrogênio em nitratos ou nitritos, que podem então formar a base das proteínas. Os consumidores que comem os produtores de proteína, então, transferem esse nutriente para outras camadas da biosfera. Os decompositores transformam o material orgânico morto de volta em amônia, onde é devolvido ao solo conforme o ciclo continua.
