Howard Garns, um criador autônomo de quebra-cabeças, inventou o Sudoku em 1979, embora o chamasse de "Number Place". Puzzles semelhantes datavam do século 18 na Suíça e mais tarde na França.
Embora o jogo tenha sido inventado em Connorsville, Indiana, ele apareceu pela primeira vez no Japão e cresceu em popularidade, antes de ser renomeado Sudoku. Um juiz da Nova Zelândia chamado Wayne Gould descobriu o jogo enquanto estava em Tóquio e desenvolveu um programa de computador que produzia quebra-cabeças Sudoku. Em 2004, The Conway, um jornal de New Hampshire, começou a apresentar Sudoku, e a popularidade do quebra-cabeça cresceu exponencialmente nos Estados Unidos e em todo o mundo desde então.