Ocasionalmente, guaxinins e corujas grandes representam uma ameaça para as águias americanas no ninho. No entanto, devido ao seu grande tamanho e forte capacidade de predação, as águias americanas não são presas regulares para nenhuma espécie.
Embora raramente sejam presas na natureza, as águias americanas têm sido historicamente ameaçadas por atividades humanas. Por exemplo, as águias estão no topo de sua cadeia alimentar, portanto, são altamente vulneráveis a produtos químicos tóxicos no meio ambiente; cada passo na cadeia alimentar tende a concentrar toxinas nas espécies de presas. O diclorodifeniltricloroetano, um pesticida venenoso comumente usado nos Estados Unidos no início da década de 1940, quase levou a águia americana à extinção. Em 1963, a população de águias-carecas foi reduzida para 487 pares de nidificação. Felizmente, no entanto, o DDT foi proibido nos Estados Unidos em 1972 e, em 2007, havia uma estimativa de 9.789 pares de nidificação nos Estados Unidos contíguos.
