Além de serem caçados por humanos por causa de sua pele, o maior predador dos coiotes são os lobos. Na verdade, desde que foram reintroduzidos no Parque Nacional de Yellowstone em 1995, os lobos reduziram a população de coiotes em 39 por cento , de acordo com estudos.
Embora os lobos às vezes comam coiotes, os dois não têm uma relação predador /presa completa. Em vez disso, tanto os coiotes quanto os lobos estão no topo de sua cadeia alimentar e competem diretamente pela presa, mesmo em locais reais de matança. Como os lobos mostram cooperação em seu comportamento de matilha, enquanto os coiotes vivem e caçam sozinhos, o coiote está em clara desvantagem quando confrontado.