Durante uma cistoscopia flexível, os homens podem sentir desconforto quando o médico insere o cistoscópio na uretra e na bexiga, e podem sentir uma leve sensação de beliscão se o médico fizer uma biópsia, afirma WebMD. Para dois dias, os pacientes podem sentir dor uretral e uma sensação de queimação ao urinar.
A partir de 2015, estudos mostram que os pacientes sentem mais dor durante uma cistoscopia flexível quando o cistoscópio passa pela uretra, registrando um escore médio de dor de 2,82 em uma escala de 1 a 10. Os escores de dor variaram de 0,14 a 0,33 em outras vezes durante o procedimento, observa o National Center for Biotechnology Information. Quando a cistoscopia é realizada no consultório médico, os pacientes que podem ver o procedimento em uma tela de vídeo à medida que ocorre sentem aproximadamente 40% menos dor do que os pacientes que não conseguem ver o procedimento.