Os flagelos ajudam os corpos celulares, como espermatozoides e bactérias, a se moverem através do líquido. Os flagelos, assim como os cílios, são compostos de microtúbulos conectados à membrana plasmática.
Os microtúbulos em um flagelo são agrupados em nove pares em torno de um par de microtúbulos. O movimento dos flagelos é o resultado do deslizamento dos microtúbulos uns contra os outros. O filamento, localizado na extremidade do flagelo, está preso ao gancho e é composto por flagelina. O movimento do filamento depende do movimento do motor que está conectado ao gancho. O corpo ou motor basal, que é produzido pelos centríolos, pode se mover a uma velocidade de 300 rotações por segundo.
Nas bactérias, o flagelo permite que o corpo da bactéria se mova para cima ou para baixo em linha reta e mude de direção. O corpo basal que se liga ao corpo celular afeta o arranjo da estrutura do filamento. O filamento tem formato helicoidal, mas as proteínas flagelinas se reorganizam se o torque do motor for aplicado ou removido. Alguns corpos celulares com flagelos são capazes de se mover através do tecido, criando problemas para a linfa ou para o sistema circulatório. Os flagelos costumam ser encontrados isoladamente ou em pequenos números, enquanto muitos cílios são encontrados juntos.
