Existem quatro modos de nutrição para o reino Eubacteria: fotoautotróficos, quimioautotróficos, fotoheterotróficos e quimioheterotróficos. Cada um deles tem uma combinação diferente de maneiras de obter energia e carbono.
Fotoautótrofos são organismos que conduzem a fotossíntese de maneira semelhante às plantas, usando luz para gerar energia e dióxido de carbono para gerar compostos de carbono. Os quimioautótrofos também usam dióxido de carbono para fazer compostos de carbono, mas usam produtos químicos inorgânicos como fontes de energia, em vez de luz. Os fotoheterotróficos obtêm sua energia da luz solar, mas também ingerem compostos de carbono orgânico como fonte de carbono. Quimioheterotróficos obtêm sua energia e carbono pela ingestão de produtos químicos orgânicos. Em qualquer caso, ao gerar energia metabolizando produtos químicos, a fonte de energia pode ser chamada de doador de elétrons, e o processamento desse doador geralmente requer um aceitador de elétrons, mais comumente oxigênio.
Bactérias que dependem da ingestão de produtos químicos para obter energia podem depender de oxigênio ou usar outros aceptores de elétrons. As bactérias que geram energia a partir de compostos químicos sem oxigênio usam respiração anaeróbica ou fermentação. A respiração anaeróbica requer o uso de aceitadores de elétrons alternativos, como nitratos, sulfatos ou dióxido de carbono. Bactérias que usam compostos inorgânicos para produzir energia também podem usar hidrogênio, monóxido de carbono, amônia ou metais reduzidos. A fermentação não usa nenhum aceitador de elétrons alternativo, em vez de produzir produtos residuais, como etanol ou ácido lático.
