Existem várias diferenças entre os ecossistemas naturais e artificiais, incluindo sustentabilidade, diversidade e propósito. Um ecossistema natural possui uma quantidade diversificada de espécies e plantas, enquanto os ecossistemas artificiais são limitados. Os ecossistemas naturais são autossustentáveis e resultam de reações naturais espontâneas, enquanto os ecossistemas artificiais requerem a ajuda de humanos.
Um ecossistema natural é o resultado das interações entre os organismos e o meio ambiente. Por exemplo, um oceano é classificado como um ecossistema marinho, que consiste em algas, consumidores e decompositores. Um ciclo ocorre neste tipo de ecossistema que começa com as algas convertendo energia por meio da fotossíntese. Depois que os consumidores se alimentam das algas, a energia é transferida entre os organismos. Uma vez que os consumidores morrem neste sistema, os decompositores os transformam em matéria orgânica. Esse processo ocorre naturalmente durante um período de tempo, enquanto em um ecossistema artificial, a intervenção humana é necessária.
Um ecossistema artificial não é autossustentável e o ecossistema pereceria sem a ajuda humana. Por exemplo, uma fazenda é um ecossistema artificial que consiste em plantas e espécies fora de seu habitat natural. Sem humanos, este ecossistema não poderia se sustentar. As plantas e animais precisam da ajuda de humanos para comer e sobreviver. A finalidade dos ecossistemas artificiais é recreativa, educacional ou lucrativa. O objetivo dos ecossistemas naturais são simplesmente circunstâncias naturais.
Outra grande diferença entre um ecossistema natural e um ecossistema artificial é a diversidade. Os ecossistemas naturais contêm mais fatores naturais e organismos. As relações entre os organismos, entre si e com o meio ambiente neste ecossistema são mais complexas do que nos ecossistemas artificiais.