Uma molécula consiste em pelo menos dois átomos do mesmo elemento, enquanto um composto inclui pelo menos dois elementos. Um exemplo de uma molécula seria o hidrogênio molecular, que tem dois átomos de hidrogênio e é representado como H2. Um exemplo de composto seria água (H2O), que tem dois átomos de hidrogênio e um átomo de oxigênio.
Os compostos incluem moléculas dentro deles. Por exemplo, o hidrogênio na água é uma molécula porque há pelo menos dois átomos do elemento; o oxigênio, entretanto, não seria uma molécula por si só, já que há apenas um átomo dele. Alguns outros exemplos de moléculas incluem nitrogênio molecular (N2) e oxigênio molecular (O2), e alguns outros compostos incluem metano (CH4) e dióxido de carbono (CO2).