A principal diferença entre o transporte ativo e passivo é que o transporte passivo não requer a aplicação de energia externa, enquanto o transporte ativo sim. Ambos os processos movem as moléculas através da membrana celular, mas o transporte passivo sempre leva vantagem dos gradientes de concentração existentes para permitir uma difusão natural das moléculas.
Ao contrário dos mecanismos de transporte passivos, o transporte ativo pode funcionar contra um gradiente de concentração para distribuir as moléculas necessárias de uma forma que ajude a manter o equilíbrio químico da célula. O transporte passivo pode ser tão simples quanto a difusão através da bicamada da membrana celular ou pode assumir a forma de osmose facilitada por pressão. Às vezes, como é o caso da bomba de cálcio da célula, proteínas de transporte especiais podem funcionar para facilitar a absorção e a secreção sem a aplicação direta de energia das moléculas de trifosfato de adenosina, ou ATP.
O transporte ativo requer energia para funcionar. O processo é usado para transportar moléculas contra uma concentração ou gradiente de pressão e consome ATP. O transporte ativo é responsável pela troca de glicose nas células do intestino delgado e pela manutenção do equilíbrio dos íons nas células cerebrais, o que lhes permite conduzir impulsos elétricos de maneira eficiente. A bomba de sódio é outro exemplo de transporte ativo primário.