A principal diferença entre AGP e PCI é que PCI, ou placas de interconexão de componentes periféricos, só têm acesso à memória embutida na placa, enquanto AGP, ou placas de porta gráfica acelerada, têm acesso à memória do sistema em ordem para auxiliar em operações complexas como mapeamento de textura. Um slot AGP dá a uma placa de vídeo acesso direto ao processador por meio de um barramento dedicado, fornecendo mais largura de banda do que o PCI.
Os slots AGP também têm um canal ponto a ponto dedicado que fornece ao controlador gráfico acesso direto à memória principal do sistema ao processar gráficos. Esses aprimoramentos permitem que a placa de vídeo AGP tenha um desempenho muito mais rápido do que uma placa PCI.
Outra diferença entre os dois é que o PCI é um barramento enquanto o AGP é uma porta, pois conecta dois nós. PCI e AGP também diferem em termos de alinhamento mínimo e requisitos de comprimento para transações. As transações PCI são alinhadas em limites de 4 bytes e devem ser múltiplos de 4 bytes, enquanto as transações AGP são alinhadas em limites de 8 bytes e devem ser múltiplos de 8 bytes. Os slots PCI e AGP têm tamanhos diferentes. Isso significa que as placas PCI não cabem em slots AGP e vice-versa. Cada um dos sistemas gráficos tem sua própria conexão dedicada.