Existem muitas diferenças significativas entre a replicação de DNA procariótica e eucariótica. Uma dessas diferenças é a complexidade do processo de replicação de células eucarióticas em comparação com a relativa simplicidade do processo de replicação em células procarióticas. Outra grande diferença é a velocidade com que a replicação ocorre.
Como as células procarióticas têm uma estrutura mais simples do que as células eucarióticas, o processo de replicação do DNA para células procarióticas é muito mais simples. Por um lado, as células procarióticas não têm núcleo onde o material genético é encontrado. A replicação ocorre no citoplasma das células procarióticas, em oposição à replicação que ocorre no núcleo das células eucarióticas.
A origem de replicação em células procarióticas é limitada a um lugar, enquanto existem mais de 1.000 origens em células eucarióticas. Em células procarióticas, a replicação ocorre um ponto por vez, enquanto a replicação eucariótica ocorre em todos esses pontos de origem simultaneamente. Além disso, as células procarióticas têm apenas uma bifurcação de replicação, enquanto as células eucarióticas têm muitas bifurcações de replicação. Os cromossomos das células procarióticas não têm cromatina, que constitui a maior parte dos cromossomos nas células eucarióticas.
Finalmente, a replicação procariótica é rápida, enquanto a replicação eucariótica é lenta. Essa velocidade na qual as células procarióticas se replicam é observada com o rápido crescimento de bactérias.